A pannonhalmi gyógynövénykertben termő kakukkfű a Főapátság sok termékében fellelhető, a feszültségoldó teakeverék és lábfürdősó fontos hozzávalója. Előbbi egyaránt nyugtatja meg a testet és a lelket, míg utóbbi az egész szervezetet átmelegítve fokozza a torok és az orrnyálkahártya vérkeringését, így ideális kezdődő meghűlés esetén.
Konyhai fűszernövénynek is kiváló, legyen szó különböző húsok pácolásáról, mártások elkészítéséről vagy káposztás ételek ízesítéséről. Balzsamecetbe, likőrökbe egyaránt alkalmazzák. Virágzatát szeretik a méhek, ezért értékes mézelő növény. Az apró, lilás-rózsaszín virágú Földközi-tenger nyugati részén őshonos kakukkfű gyógyhatásait több, mint 4000 éve ismerik. A kakukkfű – latinul Thymus – a görög thymos vagy thymonból származik és bátorságot jelent. Füstölőszerként betegségek és fertőzések ellen alkalmazták, de a rituális áldozatbemutatásoknak is fő alkotóeleme volt. Általános erősítő hatását szintén korán felismerték, ezért a római katonák kakukkfű fürdővel készültek a harcba.
A XII. században Bingeni Szent Hildegárd apátnő a lepra, tetvesség és bénulás ellen ajánlotta. Fertőtlenítő képessége miatt a nagy járványok idején a középkorban és az első világháború során is igénybe vették. A kakukkfű legfőbb hatóanyagát a kakukkfűkámfort Lallemand francia vegyész 1853-ban timolra nevezte át. Ez ma is az egyik leghatékonyabb gomba, baktérium és vírus ellenes hatású növényi fertőtlenítőszer.
Legújabb kutatások a gyógynövény antioxidáns hatását igazolták, és számtalan további gyógyhatása ismert. Köptető és görcsoldó, illóolaja epehajtó, bélféregűző, viszketést csillapító, valamint a légzőszervek megbetegedésénél is használják. Alkoholos oldatából bőrgomba elleni ecsetelőszert készítenek. Az illatszeripar szájvizek, fogkrémek, balzsamok, szappanok, hajvizek alkotórészeként alkalmazza.
A Pannonhalmi Főapátság gazdag gyógyászati és gyógynövény ismereti múltjának ékes bizonyítéka Reisch Elek pannonhalmi bencés szerzetes és gyógyszerész 1735-ből származó rendeléstani kézikönyve, melyben több, mint 500 gyógynövényes receptet gyűjtött össze. A rendkívül értékes gyűjteményben szerepel az a kenőcs is, ami napjainkban a Főapátság gyógynövényműhelyében Arcanum néven került gyártásra. A krém 17 gyógynövény, köztük kakukkfű koncentrált kivonatát tartalmazza. Elsősorban rovarcsípés, kisebb égések, zúzódás, húzódás esetén az esetleges fájdalom csillapítására és a többlépcsős gyógyulási folyamat gyorsítására ajánlatos használni. Illóolajainak köszönhetően segít továbbá a fejfájás, megfázás és stressz kezelésében is.