Három évszázad alatt Szent Benedek 529 táján íródott Regulája a nyugati monostorok életének, spiritualitásának egyetlen irányadója lett, s ezt 817-ben az aacheni zsinaton határozatba is foglalták. A bencések azonban hosszú ideig nem törekedtek arra, hogy centralizált szervezetet hozzanak létre.
A XIII. század hivatalos pápai irataiban gyakran előfordul ugyan a "Szent Benedek Rendje" ("Ordo Sancti Benedicti") kifejezés, ez azonban nem egységes szerzetesrendet jelöl, hanem egész egyszerűen azokra a monostorokra vonatkozik, amelyek Szent Benedek Regulája szerint élnek. Az "ordo" jelentése tehát nem szervezet, hanem "ordo vivendi", vagyis: életmód.
A "bencés" ("benedictinus") elnevezés csak a 17. században jelenik meg, de még mindig nem egy meghatározott "rend" ("ordo") jelentésben.
A 19. század végén XIII. Leó pápa hozza létre a Bencés Konföderációt, amely összefoglalja a különféle bencés kongregációkat (monostor-csoportokat), de nem valamennyit. A pápai döntés annak ellenére sem hoz létre mai értelemben vett, egységes szerzetesrendet, hogy felállítja a bencések római nemzetközi tanulmányi házát, a Szent Anzelm Kollégiumot, s kinevezi az "abbas primas"-t (prímás apátot). Azt mondhatjuk tehát egész egyszerűen, hogy a középkorban egy bencés ihletésű szerzetesség létezett, a 15. századtól pedig kongregációk és monostorok léteznek, mindmegannyi "bencés szerzetesrend".
És bár a benedeki hagyomány nagyra értékeli a szervezettséget, ez a szervezettség azonban itt sokkal inkább a Lélek szabadsáságban megélt sokféle egyensúlyából születik, mint bármiféle szigorú, szervezeti centralizmusból.
A Magyar Bencés Kongregációhoz tartozó szerzetesek nemcsak Pannonhalmán élnek, hanem az ország más településein is, valamint Brazíliában.
Az egyes házak élete ugyanazokra az alapelvekre épül, de minden közösség nagy szabadságot élvez a tekintetben, hogy a Regula értékrendjét miként valósítja meg saját konkrét körülményei között.
A Pannonhalmi Főapátság függő házai:
- Szent Mauríciusz Monostor, Bakonybél
- Bencés Rendház, Budapest
A Magyar Bencés Kongregáció önálló házai:
- Szent Gellért Apátság, Saõ Paulo (BR)
- Tihanyi Apátság, Tihany
- Szent Mór Bencés Perjelség, Győr
- Szent Benedek Leányai Társaság, Tiszaújfalu
- Rád sväteho Benedikta so sídlom v Komárne - Komáromi Bencés Rendház, Komárno (SK)